Do tej pory zarejestrowano i opisano jeden przypadek wstrząsu po wstrzyknięciu toksyny botulinowej z lignokainą i nie można było stwierdzić, która z substancji była skojarzona z tą reakcją. Po takim zabiegu mogą pojawić się efekty uboczne, takie jak mdłości, zmęczenie, objawy grypopodobne, osłabienie mięśni nawet bardzo oddalonych od miejsca podania toksyny.
Jest to reakcja na przeniknięcia niewielkich ilości BTXA do układu krążenia pacjenta. W czasie zabiegu można odczuwać dyskomfort związany z użyciem cienkich igieł, które stosuje się do przeprowadzenia zabiegu. Można zastosować znieczulenie miejscowe czyli lód lub krem Emla, które znacznie redukują nieprzyjemne odczucia. Natomiast powikłania jakie mogą wystąpić typu krwiak, wybroczyny, ból czy też nadmierna wrażliwość w tym miejscu, wynikają bezpośrednio z użycia igieł, nie z samej substancji stosowanej w zabiegu. Można temu zapobiec stosując od razu po zabiegu okłady z lodu a także przez odstawienie leków które zmniejszają krzepliwość krwi (czasem zdarzają się pacjenci którzy nie wiedzą o tym, że tak trzeba postąpić, anie informują o tym lekarza).
Niekiedy po zabiegu z użyciem BTXA pojawiają się bóle głowy, ale szybko można je usunąć poprzez zwyczajne, ogólnodostępne środki przeciwbólowe. Zdarzały się migrenowe bóle głowy, występujące do około trzech miesięcy po zabiegu, i prawdopodobnie ma to związek z przypadkowym delikatnym uszkodzeniem okostnej podczas zabiegu. Zabiegi wstrzyknięcia BTXA związane są zazwyczaj z odmładzaniem górnej części ciała, a te partie są narażone na specyficzne działania niepożądane. Takie niepożądane efekty są związane z przedostaniem się toksyny do mięśni znajdujących się obok głównego miejsca zabiegu, czasami spowodowane jest to także przez nieodpowiednią klasyfikacją do zabiegu ze względu na wiek lub też indywidualne cechy anatomii twarzy.
I tak w przypadku zabiegu na czoło, efektem niepożądanym może być opadanie powiek, które jest spowodowane przeniknięciem toksyny do mięśnia górnej powieki, co zdarza się najczęściej u starszych osób. Może pojawić się w odstępie 2 do 10 dni po zabiegu i utrzymywać się do około 6 lub 8 tygodni. Jak obliczono taki efekt występuje u około 0,3 % osób jakie poddały się temu zabiegowi w tym miejscu. Jeśli wykona się ten zabieg poprzez ograniczoną dyfuzję preparatu i około centymetra powyżej brwi, to może to znacznie obniżyć ryzyko wystąpienia tego efektu. Zabiegi przeprowadzone na czole mogą także doprowadzić do częściowej utraty mimiki w tej okolicy lub uniesienie bocznych części brwi nieproporcjonalnie do części mięśnia czołowego.
Jeśli chodzi o kurze łapki, to także zabieg wstrzyknięcia toksyny botulinowej potrafi uczynić spektakularny efekt, ale również niepożądane skutki. Jest to np. podwójne widzenie, opadanie bocznej powieki lub też asymetryczny uśmiech. Jeśli toksyna zostanie wstrzyknięta prawidłowo można uniknąć tego typu powikłań. Jednak zawsze może wystąpić ryzyko zaburzenia wydzielenia łez lub też działania powieki, na ten czas nie powinno się używać szkieł kontaktowych i kropel do oczu.
Zastosowanie BTXA wokół okolicy ust jest szczególnie narażone na powikłania i zabiegi te należy wykonać z niezwykłą starannością. Może dojść przy iniekcji zbyt dużej dawki toksyny do efektu asymetrycznego uśmiechu, przygryzania boków wewnętrznych policzków, niemożności domknięcia ust wraz ze ślinieniem się. Bardzo ważne jest stosowanie preparatów przeznaczonych do BTXA zgodnie z ich przeznaczeniem, według wskazań producenta z zachowaniem właściwej techniki zabiegu, pozwala to na zredukowanie ilości występujących powikłań do minimum.